1926年5月 私立东南医科大学医疗专业

1930年1月，改称私立东南医学院

1949年12月，东南医学院内迁怀远

1951年8月，东南医学院迁设合肥

1952年10月，改名安徽医学院

1972年10月，建立安徽医学院医疗系

1973年7月，设立医疗系党总支

1983年11月，设立安徽医学院医学系

1985年12月，更名安徽医科大学

1986年1月，实行院系合一教学管理体制，医学系与附属一院合一为医学一系，附属二院（省立医院）设立医学二系

2002年9月，成立第二附属医院（第二临床学院）筹建领导组

2003年3月，批准安徽医科大学第二临床学院立项建设

2003年10月，撤销医学一系，成立第一临床学院

2006年12月，成立第一临床学院第一党总支、第一临床学院第二党总支

2014年8月，建立临床医学院与各直属附属医院的“院院合一”体制，确立第二临床医学院（第二附属医院）建制