第二临床医学院溯源于1926年5月创办的上海私立东南医科大学医学专业，历经上海东南医学院和安徽医学院医疗系、安徽医科大学临床医学系、第一临床学院（第一附属医院）等发展阶段。2014年8月，学校进行临床医学院体制改革，确立第二临床医学院（第二附属医院）建制。学院以第二附属医院为依托，汇聚安徽医大最优质教育教学资源，实行“院院合一”体制。

安徽医科大学第二附院医院2008年开诊，2013年在安徽省率先按照原卫生部部颁标准通过国家三级医院等级评审， 2017年初在安徽省首家通过JCI评审，成为国内第十家获得JCI国际认证的学术型医学中心医院。学院现有临床医学（“5+3”一体化）、临床医学“5+3”一体化（儿科学）、临床医学、儿科学、眼视光医学、麻醉学、康复治疗学等7个专业（专业方向），均为安徽医科大学重点品牌专业，办学经验丰富，师资力量雄厚。

截至2022年9月，学院在校学生2982人，分别安排梅山路和翡翠路两个校区。学生日常管理由第二临床医学院学生党总支具体负责。总支2014年8月由原第一临床学院第二党总支直接转制而来。现有思政队伍18人，其中主持工作1人（正处级），副书记2人（副处级），辅导员14人，全部具有硕士研究生学历，其中高级职称6人。学生管理队伍综合素质优秀，教育管理业务精良，经验丰富，作风扎实。近年来先后8人次获得全国辅导员技能大赛二等奖、华东片区和安徽省辅导员技能大赛特等奖、一等奖，省辅导员年度人物、省大学生就业、创业课程教学比赛一等奖，拥有学校唯一一个省级弘扬核心价值观名师工作室 ——“医路同行”心理健康教育工作室。2016年再次获得省核心价值观名师工作室资助。近年总支连续3次获得校优秀基层党组织光荣称号，连续多次获得学校党建考核和发展考核先进单位、安全考核先进等荣誉。2019年总支一支部获批教育部全国党建工作样板支部培育创建单位，2022年6月顺利通过验收。2021年总支2个支部入选校首批党建“领航计划”项目。

学院总支多年来围绕学校立德树人中心工作，坚持以“育优秀医学人才，创先进总支团队”为根本，以党建和思想政治工作为龙头，以安全发展为基础，以学风建设为主线，以医学人文融通为特色，以服务学生立志、立身、立业为出发点和落脚点，坚持“教育领先，管理从严，服务到位”，将为党育人、为国育才价值使命融入医学生培养全过程。2022年，总体毕业去向落实率近92%，党员毕业生毕业去向落实率达100%。毕业生就业形势好，就业层次高，得到省内外用人单位一致好评。

总支致力于学生德、智、体、美、劳全面发展，在校学生每年获得“挑战杯”、全国大学课外学术科技作品竞赛、安徽省运动会等省级以上表彰荣誉300多项（人次）。2022届五年制毕业生报考研究生占比97%，多名应届毕业生被国内外知名院校录取。近年研究生录取率在60%左右，多名毕业生被北京大学、复旦大学、浙江大学等“985” 、“双一流”建设高校录取。